中科（广东）炼化有限公司共设置22个中层机构，其中职能部门10个，分别为办公室（企业管理部、法律事务部）、计划经营部、生产技术部（应急指挥中心）、设备工程部、党委组织部（人力资源部、协力中心）、党群工作部（党委宣传部、人民武装部、工会、团委）、纪委（监督部）、审计部、安全环保部（应急救援中心）、财务部；运行部8个，分别为炼油一部、炼油二部、炼油三部、化工一部、化工二部、化工三部、公用工程部和储运部；业务中心4个，分别为物资供应中心和信息中心、电仪中心、化验中心（环保监测中心）。
